O Campeonato será disputado no sistema de pontos corridos, de forma continua, em turno e returno, sendo 19 jogos de ida e 19 jogos de volta, sagrando-se campeão o clube que acumular o maior número de pontos ganhos em toda a disputa.
Em caso de empate em pontos ganhos entre dois ou mais clubes ao final da competição, o desempate, para efeito de classificação, será efetuado observando-se os critérios abaixo:
1º) maior número de vitórias;
2º) maior saldo de gols;
3º) maior número de gols pró;
4º) confronto direto;
5º) menor número de cartões vermelhos recebidos;
6º) menor número de cartões amarelos recebidos;
7º) sorteio.
Para efeito do quarto critério (confronto direto), considera-se o resultado dos jogos de ida-e-volta somados, ou seja, o resultado do “jogo de 180 minutos”. Permanecendo o empate no “jogo de 180 minutos” do confronto direto, conforme acima mencionado, o desempate dar-se-á pelo maior número de gols assinalados no campo do adversário. No caso de empate entre mais de dois clubes, não será considerado o quarto critério.
Ao final do Campeonato os quatro primeiros clubes classificados da Série B de 2009 ascenderão ao Campeonato Brasileiro da Série A de 2010 e os quatro últimos clubes classificados da Série B de 2009 descenderão para a Série C de 2010.
