Na primeira fase os 68 clubes são divididos em dezessete grupos com quatro clubes cada, organizados regionalmente. Os times jogam contra os outros do grupo, em turno e returno, num total de seis rodadas. Os primeiros colocados de cada grupo, além dos 15 melhores segundo colocados, estarão classificados para segunda fase. Desta fase em diante, todas serão em mata-mata, com o clube de melhor campanha sempre realizando a partida decisiva em seus domínios. Os quatro semifinalistas conquistarão o direito de disputar a Série C de 2018. Os vencedores das semifinais jogam as finais também em ida e volta, e aquele com o melhor resultado agregado será o campeão da Série D de 2017.
