São 64 equipes jogando sempre em sistema de eliminatórias com partidas de ida e volta. Nas duas primeiras fases quem vencer por dois ou mais gols de diferença, fora de casa, no jogo de ida, garante a vaga na fase seguinte sem o jogo de volta. Nas fases seguintes sempre será necessária a segunda partida para se definir os clubes classificados. Participam neste ano os campeões estaduais, os clubes melhores colocados em seus Estados, além de algumas vagas definidas pelas Federações locais. As equipes que representam o Brasil na Libertadores (Atlético-PR, Palmeiras, São Paulo, Santos e Santo André) ficam de fora neste ano. O campeão desta Copa garante vaga na Libertadores de 2006.
CRITÉRIOS DE DESEMPATE:
1-Maior saldo de gols após as duas partidas;
2-Maior nº de gols marcados no campo do adversário;
3-Cobranças de pênaltis; não haverá prorrogação.
