A Copa do Brasil deste ano será disputada por 64 equipes, sendo 27 campeões estaduais, sete vices das federações que obtiveram maior público pagante durante o ano de 1998, na Copa do Brasil, nas Séries A, B e C do Brasileirão e nos campeonatos estaduais (BA, MG, PR, PE, RJ, RS e SP), além de trinta convidados pela CBF. Na Fase Preliminar e na Primeira Fase caso a equipe visitante vença o primeiro jogo por dois ou mais gols de diferença, na casa do adversário, estará classificada para a fase seguinte sem necessidade da realização da partida de volta.